W miejscu gdzie obecnie znajduje się miejscowośc Międzyzdroje w XII wieku mieściły się dwie osady: Żelazo i Kępieńce. Pierwsza z nich prawdopodobnie znajdowała się na terenie obecnej wsi Zalesie, natomiast druga była umiejscowiona nieco na południe od Międzyzdrojów.
Mniej więcej 100 lat później w samym centrum obecnej miejscowości powstała karczma, która znajdowała się na dużym trakcie handlowym łączącym wyspę Uznam z Kamieniem Pomorskim i Wolinem. W zachowanych dokumentach istniała pierwotna nazwa brzmiąca: Misdroige lub Misdroie.
W dalszych dziejach wyspa była początkowo w rękach Szwedów, a później Prusaków. Natomiast kariera Międzyzdrojów jako miejscowości turystycznej rozpoczęła się w XVIII wieku, gdy Anglicy odkryli i zaczęli rozpowszechniać właściwości kompieli morskich. Wypoczynek nad morzem Międzyzdroje stawał się coraz bardziej popularnym sposobem wypoczynku w całej Europie.
Jednak tak na prawdę mniej więcej do połowy XIX wieku Międzyzdroje pozostawały głównie osadą rybacką. Dopiero pod koniec stulecia stały się kurortem wypoczynkowym w pełnym tego słowa znaczeniu. Wraz z napływem turystów miasto rozwijało się pod kątem turystyki: zbudowano drewniane molo, zakład solankowy. Zadbano także o wygląd wybrzeża, powstawały pierwsze hotele i pensjonaty a w nich apartamenty Międzyzdroje stały się już w tamtych czasach ważnym ośrodkiem wypoczynkowym.
